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磁珠法如何有效提取核酸?

一、液化

將固體樣本轉(zhuǎn)化為液體樣本是最重要的樣本前處理方法,固體樣本是很難直接在試劑盒的作用下用于提取核酸的。固體樣本跟雜質(zhì)一樣,會(huì)嚴(yán)重阻礙磁珠吸附核酸,并且耗損大量的磁珠位點(diǎn),很難取得良好的提取效果。

常見(jiàn)的固體樣本如植物組織、動(dòng)物組織、泥土、濃痰等。
 

植物組織和動(dòng)物組織,可剪取適量的樣本,在研缽內(nèi)快速研磨。研磨時(shí)如果需要保護(hù)RNA,可以采用液氮研磨的方式。如果不需要提取RNA,也可以加入裂解液或者生理鹽水幫助研磨成勻漿狀態(tài)。泥土的處理方式主要是通過(guò)浸泡。因?yàn)閺哪嗤林刑崛『怂幔⒎翘崛∧嗤帘旧?,而是提取泥土中存在的微生物的核酸。使用生理鹽水或者其他適當(dāng)緩沖液體浸泡泥土,如果是較為干硬致密的泥土,浸泡前可以先碾碎成小顆粒,浸泡過(guò)程中可用小棒攪動(dòng)幫助泥土分散。浸泡一段時(shí)間后,將泥漿用三層濾紙過(guò)濾,過(guò)濾所得的液體,即可用于磁珠法提取。
 

如濃痰、膿液等固液混合又較為黏膩的生物樣本,可以先使用氫氧化鈉液體進(jìn)行堿解液化,再酸中和后,作為液體樣本進(jìn)行磁珠法提取。以上方法處理固體樣本,所得的液體,可能并不完全清澈透明,雜質(zhì)還是相對(duì)較多的,如果必要,使用離心的方式,可以除去更多的雜質(zhì),但相對(duì)應(yīng)該控制離心速度在10000r/min以下,否則核酸也會(huì)一起隨雜質(zhì)被離心下去。


二、富集

很多時(shí)候,用磁珠法提取的核酸都是微量或者痕量的樣本,直接使用樣本進(jìn)行操作,所能得到的核酸很少,這就要求下游的檢測(cè)試劑靈敏度很高,如果檢測(cè)試劑靈敏度不足,在樣本痕量的情況下,很可能檢測(cè)不出,出現(xiàn)假陰性。所以對(duì)于微量樣本和痕量樣本,可以進(jìn)行富集前處理。


有些時(shí)候,樣本屬于常量樣本,但下游實(shí)驗(yàn)需求核酸量大,也需要對(duì)樣本進(jìn)行富集,以便每個(gè)提取都能獲得更多的核酸。或者樣本量巨大,無(wú)法直接使用試劑盒進(jìn)行提取,也需要進(jìn)行富集操作。常見(jiàn)的富集方法包括蒸發(fā)和離心。
 

以土壤浸潤(rùn)水樣本為例,浸泡大量的土壤樣本,獲得了500ml浸潤(rùn)水,顯然無(wú)法將500ml浸潤(rùn)水作為樣本直接提取??梢韵葘颖痉盅b在兩個(gè)30ml離心管內(nèi)進(jìn)行,12000r/min離心十分鐘,棄去上清液后,用適量生理鹽水重懸沉淀后,移入小離心管內(nèi),在80℃溫度下蒸發(fā)液體至液體量少于300ul,即可用于磁珠法進(jìn)行核酸提取。


三、除雜

很多生物樣本中都含有大量的雜質(zhì),這些雜質(zhì)有的可以在試劑盒核酸提取的過(guò)程中被洗滌液除去,但有些,很難通過(guò)后續(xù)的試劑盒洗滌直接除去,這就要求我們?cè)跇颖厩疤幚淼臅r(shí)候,就直接先做初步的除雜。以大量血液樣本為例,常規(guī)定量血液樣本(200ul以下),通常是不需要提前除雜的。但如果血液樣本的量很大,如4-5ml/提取,就很難直接進(jìn)行了,不僅樣本的量超過(guò)常規(guī)試劑盒的容納范圍,雜質(zhì)也非常多。通常的做法是,提前加入紅細(xì)胞裂解液,離心,棄去上層液體,裂解液重懸樣本。各種各樣的樣本前處理方法是很靈活多樣的,根據(jù)下游需求不同,樣本特性不同,通常是多種前處理方式組合應(yīng)用,以達(dá)到最佳效果。


四、結(jié)語(yǔ)
總之,在磁珠法核酸提取的過(guò)程中,樣本的前處理工作對(duì)整個(gè)提取結(jié)果會(huì)有至關(guān)重要的影響。當(dāng)然,選取合適的磁珠,更能使提取結(jié)果事半功倍,吉恩特生物的01系列磁珠,半沉降時(shí)間可達(dá)15min以上,磁吸時(shí)間僅為15s左右,可為操作者帶來(lái)不一樣的磁珠操作體驗(yàn)。

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