DNA pull down * 實(shí)驗(yàn)原理
DNA pull down是體外條件下研究目標(biāo)DNA片段與蛋白質(zhì)相互作用的技術(shù)。首先，體外制備帶有生物素標(biāo)記的DNA探針；之后，生物素DNA探針結(jié)合到鏈霉親和素磁珠上；再將DNA-Beads與細(xì)胞裂解液孵育，這樣DNA結(jié)合蛋白便一起吸附在Beads上；洗滌掉未結(jié)合的蛋白后，再用洗脫液將DNA結(jié)合蛋白從Beads洗脫下來(lái)，得到DNA pull down產(chǎn)物。DNA-protein復(fù)合物既可以用Western Blot檢測(cè)已知蛋白，也可以用質(zhì)譜鑒定未知蛋白。
輝駿生物10年科研服務(wù)經(jīng)驗(yàn)，專業(yè)提供分子互作實(shí)驗(yàn)服務(wù)，包括蛋白與蛋白、蛋白與DNA、蛋白與RNA、RNA與RNA的相互作用技術(shù)，經(jīng)驗(yàn)豐富，實(shí)驗(yàn)結(jié)果穩(wěn)定、可靠。
我公司自有分子、細(xì)胞和質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，能執(zhí)行最優(yōu)的實(shí)驗(yàn)路線，對(duì)微量互作蛋白的質(zhì)譜鑒定有充足把控力，對(duì)后續(xù)功能分析有獨(dú)到見(jiàn)解。
我們不僅會(huì)提供專業(yè)的售前方案建議、而且售后技術(shù)支持將一直保持到文章發(fā)表，確保您安心進(jìn)行下游實(shí)驗(yàn)及投稿。
目前，客戶已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功發(fā)表大量高分文章（點(diǎn)擊查看客戶文獻(xiàn)）。
DNA pull down * 實(shí)驗(yàn)流程
DNA pull-down * 應(yīng)用背景
DNA pull-down以感興趣的DNA序列為中心，尋找與該序列結(jié)合的蛋白質(zhì)，最常見(jiàn)的應(yīng)用是尋找某特定基因啟動(dòng)子的轉(zhuǎn)錄因子。
啟動(dòng)子通常位于結(jié)構(gòu)基因5'端上游，含有RNA聚合酶特異性結(jié)合和轉(zhuǎn)錄起始所需的保守序列。轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，是一種DNA結(jié)合蛋白，它能與真核基因的順式作用元件（如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子等）特異性結(jié)合來(lái)激活或抑制基因表達(dá)。轉(zhuǎn)錄因子有4個(gè)主要結(jié)構(gòu)域：DNA結(jié)合域決定轉(zhuǎn)錄因子的特異性，轉(zhuǎn)錄調(diào)控域（包括激活域或抑制域）決定轉(zhuǎn)錄因子的功能，寡聚化位點(diǎn)使不同轉(zhuǎn)錄因子間發(fā)生相互作用，核定位信號(hào)控制轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)入細(xì)胞核。
一個(gè)基因的啟動(dòng)子通常會(huì)結(jié)合多種轉(zhuǎn)錄因子，尋找啟動(dòng)子的特異轉(zhuǎn)錄因子，有助于我們理解這些啟動(dòng)子下游的功能基因是如何被調(diào)控的。
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DNA pull down * 服務(wù)信息
| 服務(wù)項(xiàng)目 | 服務(wù)內(nèi)容 | 結(jié)果交付 | 實(shí)驗(yàn)周期 | 客戶提供 | 價(jià)格
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DNA pull-down WB （驗(yàn)證型） | 制備DNA探針 | 探針電泳圖 | 4-5周 | 實(shí)驗(yàn)樣本 目標(biāo)序列質(zhì)粒模板 待測(cè)蛋白抗體 實(shí)驗(yàn)信息表 |
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| Western blot檢測(cè)待測(cè)樣本中的待測(cè)蛋白 | Western blot檢測(cè)圖 |
DNA pull down捕獲目標(biāo)DNA片段及其結(jié)合蛋白 | 待測(cè)蛋白Western blot檢測(cè)圖 DNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 |
DNA pull-down MS （篩選型） | 制備DNA探針 | 探針電泳圖 | 6-7周 | 實(shí)驗(yàn)樣本 目標(biāo)序列質(zhì)粒模板 實(shí)驗(yàn)信息表
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DNA pull down捕獲目標(biāo)DNA片段及其結(jié)合蛋白 | SDS-PAGE銀染檢測(cè)圖 DNA pull down實(shí)驗(yàn)報(bào)告 |
| LC-MS/MS定性檢測(cè)pull down產(chǎn)物的蛋白、篩選實(shí)驗(yàn)組獨(dú)有蛋白（潛在互作蛋白） | 質(zhì)譜檢測(cè)結(jié)果及報(bào)告 互作蛋白篩選表格 生物信息學(xué)分析結(jié)果和報(bào)告 |
DNA pulldown * 樣本要求
樣本類型
| DNA pull down WB建議送樣量 | DNA pull down MS建議送樣量 |
| 動(dòng)物細(xì)胞 | 3*10e7個(gè)細(xì)胞/組（約3個(gè)10cm皿） | 5*10e7個(gè)細(xì)胞/組（約5個(gè)10cm皿） |
| 動(dòng)物組織 | 1g/組 | 2g/組 |
| 植物葉片 | 2g/組 | 4g/組 |
| 植物根或果實(shí) | 4g/組
| 8g/組 |
| 菌體 | 50ul菌體沉淀/組 | 100ul菌體沉淀/組 |
▲注意：這里列出的均為每組樣本的送樣量，如果實(shí)驗(yàn)和對(duì)照組用的樣本一致，此樣本量*2。詳細(xì)送樣指南可聯(lián)系輝駿生物客服或銷售索取。
保存及運(yùn)輸：-80℃保存，干冰取樣/運(yùn)輸，至少在送樣前2天通知我司。
DNA pull-down * 結(jié)果示例
DNA pull down-MS：SDS-PAGE銀染檢測(cè)圖
DNA pull-down MS：互作蛋白鑒定表示例
DNA pulldown MS：互作蛋白生信分析結(jié)果示例
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DNA pull down服務(wù)案例—客戶文章解析
Gu Z.Y. et al: Overexpression of CLC-3 is regulated by XRCC5 and is a poor prognostic biomarker for gastric cancer.
Journal of Hematology & Oncology. 2018. (中科院1區(qū)，IF=23.168).
lncRNA LAMP5-AS1通過(guò)調(diào)控DOT1L甲基轉(zhuǎn)移酶活性促進(jìn)MLL白血病發(fā)展
研究背景
鼻咽癌的已有研究指出，氯離子通道-3(CLC-3)是一種有應(yīng)用前景的癌癥生物標(biāo)志物；但是，CLC-3能否作為胃癌的預(yù)后生物標(biāo)志物以及它在胃癌中的作用機(jī)制卻鮮有報(bào)道。CLC-3過(guò)表達(dá)是胃癌不良預(yù)后的生物標(biāo)志物，并且CLC-3可能通過(guò)PI3K/AKT信號(hào)通路調(diào)節(jié)細(xì)胞增殖和遷移。胃癌中CLC-3過(guò)表達(dá)的調(diào)控機(jī)制是：XRCC5結(jié)合CLC-3啟動(dòng)子區(qū)并增加其啟動(dòng)子活性，并且與PARP1相互作用在轉(zhuǎn)錄水平正調(diào)控CLC-3的表達(dá)。
研究路線
免疫組化實(shí)驗(yàn)表明CLC-3在胃痦組織中高表達(dá)，且與患者不良預(yù)后有關(guān)
RNA-seq分析和細(xì)胞實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)敲除CLC-3抑制細(xì)胞增殖和遷移，且影響了PI3K/Akt信號(hào)通路的很多基因
免疫組化實(shí)驗(yàn)表明XRCC5和CLC-3的表達(dá)呈正相關(guān)，且兩者高表達(dá)指示患者預(yù)后不良
基因表達(dá)/敲除和細(xì)胞功能實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示CLC-3的表達(dá)和功能受XRCC5的調(diào)節(jié)
CoIP結(jié)合質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)篩選到了XRCC5的互作蛋白PARP1，體內(nèi)DNA探針檢測(cè)發(fā)現(xiàn)PARP1也可以與CLC-3啟動(dòng)子結(jié)合，XRCC5和PARP1協(xié)同調(diào)控CLC-3的表達(dá)和功能
小鼠移植瘤實(shí)驗(yàn)表明CLC-3在體內(nèi)可也以被XRCC5調(diào)控，影響腫瘤生長(zhǎng)
DNA-pull down實(shí)驗(yàn)客戶文章
【研究?jī)?nèi)容】：DNA甲基化在調(diào)節(jié)基因表達(dá)中起著重要作用，而失調(diào)的DNA甲基化參與了各種疾病的發(fā)病機(jī)制。本研究 利用DNA甲基化芯片技術(shù)（MeDIP-chip）檢測(cè)了首發(fā)精神分裂癥患者外周血單個(gè)核細(xì)胞（PBMCs）全基 因組DNA甲基化失調(diào)的情況，發(fā)現(xiàn)SHANK3啟動(dòng)子高度甲基化。DNA pull down MS和ChIP-qPCR找到并確定了與SHANK3啟動(dòng)子高甲基化區(qū)結(jié)合并正調(diào)控其表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因 子YBX1，表明PBMCs中SHANK3的高甲基化可以作為SCZ的潛在外周生物標(biāo)志物。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull down ms檢測(cè)、DNA-pull down探針制備實(shí)驗(yàn)、DNA pull-down技術(shù)服務(wù)
【研究?jī)?nèi)容】：三陰性乳腺癌(TNBC)是最具侵襲性的乳腺癌亞型。TNBC凋亡細(xì)胞胞外囊泡的趨化因子陣列分析發(fā)現(xiàn)： 胞外囊泡中的CXCL1是激活TAM/PD-L1信號(hào)通路的關(guān)鍵成分，CXCL1的敲低可顯著抑制胞外囊泡誘導(dǎo)的 TNBC生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。DNA?pull down MS和Luc等實(shí)驗(yàn)也確定了CXCL1能與PD-L1啟動(dòng)子結(jié)合，并轉(zhuǎn)錄激活 EED介導(dǎo)的PD-L1啟動(dòng)子活性來(lái)增強(qiáng)TAM/PD-L1信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)。此外，TPCA-1可以作為改善TNBC預(yù)后的靶向候 選藥物，且無(wú)明顯毒性。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull-down ms、DNA pulldown實(shí)驗(yàn)檢測(cè)
【研究?jī)?nèi)容】：本研究通過(guò)雙熒光素酶，ChIP，DNA pull down和RNA pull down，RIP等實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)lnc-GD2H在肌肉再生中的作用：在成肌細(xì)胞增殖過(guò)程中，c-Myc蛋白與lnc-GD2H啟動(dòng)子結(jié)合并調(diào)節(jié)其轉(zhuǎn)錄，促進(jìn)成肌細(xì)胞增殖；在成肌細(xì)胞分化過(guò)程中，lnc-GD2H與成肌細(xì)胞分化相關(guān)蛋白NACA相互作用，抑制其在Myog啟動(dòng)子的富集，減輕NACA對(duì)Myog的抑制作用，促進(jìn)Myog表達(dá)和成肌細(xì)胞分化。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pull down檢測(cè)、DNA-pull down探針制備、DNA pull-down質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)服務(wù)
【研究?jī)?nèi)容】：本研究報(bào)道了家蠶中調(diào)控絲素蛋白編碼基因所必需的啟動(dòng)子相互作用蛋白（PIP），包括絲素重鏈(Fibre H)、絲素輕鏈(FiBL)和一個(gè)25kD的多肽蛋白(P25)。作者通過(guò)DNA pull down結(jié)合質(zhì)譜分析鑒定與FibH、FiBL和P25啟動(dòng)子區(qū)域相互作用的蛋白質(zhì)，研究首次提供了與絲素基因啟動(dòng)子相互作用的蛋白質(zhì)的深入圖譜，有助于更好地理解絲蛋白的合成調(diào)控。
使用相關(guān)技術(shù)：DNA pulldown MS、DNA pulldown技術(shù)
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