lncRNA與蛋白互作實驗概述
lncRNA (Long non-coding RNA)即長鏈非編碼RNA,通常長度在200-100000 nt,具有5’帽子和3’polyA尾巴結構。
近年來,越來越多的研究聚焦lncRNAs。lncRNA與蛋白質的結合是其重要的調控方式之一,通過與蛋白質的結合,lncRNA參與多種細胞過程。例如:
與其他RNA/蛋白競爭結合某蛋白,來調控其他RNA或蛋白的活性
招募染色體重構和修飾復合體到特定位點,改變DNA/RNA的修飾狀態(tài)、染色體結構等
lncRNA與蛋白互作服務信息
lncRNA-蛋白互作研究按照實驗內(nèi)容可分為兩大類,一是以感興趣的lncRNA為中心,尋找或驗證與該lncRNA結合的蛋白質;二是以感興趣的蛋白質為中心,尋找或驗證與該蛋白質結合的lncRNA。
lncRNA與蛋白互作技術服務 |
技術類型 | 技術目標 | 技術原理 | 詳情
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外源性RNA pull-down
| 體外條件下尋找或驗證與目標lncRNA結合的蛋白質 | 體外轉錄帶有生物素標記的lncRNA,并與樣本裂解液孵育,利用鏈霉親和素磁珠捕獲體外條件下結合的靶RNA-蛋白質復合物,采用Western Blot或質譜技術確定復合物中的蛋白質 | 點擊查看
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內(nèi)源性RNA pull-down | 體內(nèi)條件下尋找或驗證與目標lncRNA結合的蛋白質 | 將自主研發(fā)的特異性RNA標簽與目標lncRNA構建融合表達載體,轉染細胞使其融合表達,通過與特異性RNA標簽結合的親和介質,將RNA標簽-lncRNA與蛋白的復合體純化出來,采用Western Blot或質譜技術確定復合物中的蛋白質 | 點擊查看 |
RIP | 體內(nèi)條件下尋找或驗證與目標蛋白質結合的lncRNA | 用誘餌蛋白抗體捕獲體內(nèi)條件下的誘餌蛋白與RNA復合物,采用qPCR或高通量測序技術確定與誘餌蛋白結合的lncRNA | 點擊查看 |
lncRNA與蛋白互作實驗服務優(yōu)勢*輝駿生物
十年服務經(jīng)驗,客戶成果發(fā)表在Nature Methods,Oncogene,Cell Research等高水平期刊上。
對圍繞RNA結合蛋白開展的整體課題提供全方位指導,包括上下游實驗設計和結合蛋白的多方法驗證等。
自有蛋白質組學平臺,對RNA pull down產(chǎn)物這類微量蛋白的質譜鑒定有十足的把控能力,對后續(xù)的生物信息分析有獨到的見解。
售后技術支持將一直保持到客戶發(fā)表文章,確保客戶安心進行下游實驗及投稿。
lncRNA與蛋白互作實驗研究案例—客戶文章解析
lncRNA LAMP5-AS1通過調控DOT1L甲基轉移酶活性促進MLL白血病發(fā)展
研究背景
研究者們通過大量臨床樣本的檢測發(fā)現(xiàn),一個長鏈非編碼RNA(LncRNA)“LAMP5-AS1”在混合系白血病(MLL)中高表達,因此進一步探索了LAMP5-AS1在MLL白血病發(fā)生發(fā)展中的作用。
研究路線
細胞和小鼠實驗確定高表達的LAMP5-AS1促進MLL白血病進展RNA pull-down結合質譜鑒定技術首次發(fā)現(xiàn)了LAMP5-AS1的潛在結合蛋白—DOT1L(一種H3K79甲基轉移酶)RIP qPCR實驗確定了LAMP5-AS1與DOT1L結合截短型 RNA pull down實驗進一步明確了與LAMP5-AS1結合的DOT1L結構域體外酶活實驗表明LAMP5-AS1與DOT1L的結合促進了DOT1L的甲基轉移酶活性RNA干擾結合ChIP實驗表明LAMP5-AS1影響MLL融合蛋白核心靶基因的H3K79me2/3水平臨床分析LAMP5-AS可作為MLL白血病不良預后的預測因子
研究結論
lncRNA LAMP5-AS1在MLL白血病細胞的自我更新過程和分化阻滯中起著重要的作用。LAMP5-AS1對維持DOT1L酶在MLL白血病中的高活性具有重要意義,可能成為治療MLL白血病的一個有價值的靶點。
客戶文獻
Wang
W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by
directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology. 2020. (IF=17.38).
lncRNA與蛋白互作技術服務—客戶文章
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