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根據(jù)樣品SDS-PAGE圖（注：SDS-PAGE無過度染色情況），判斷樣本本身的蛋白質豐富程度，蛋白質條帶較少或者較淺（含量低）都會導致鑒定結果不佳，可考慮增加樣本量再進行檢測。

根據(jù)SDS-PAGE圖判斷樣品中是否存在高豐度蛋白質，高豐度蛋白質會影響樣本整體蛋白質鑒定數(shù)量。

有些物種的數(shù)據(jù)庫質量不好，包含的蛋白數(shù)目過少，這種可以考慮換大一級的物種分類數(shù)據(jù)庫，或者選擇在進化樹上同源性較近的、研究比較清楚的、基因組數(shù)據(jù)庫相對完整的模式物種的數(shù)據(jù)庫重新查庫。

樣本中有污染或干擾物質，例如常見的有PEG、各種表面活性劑（如SDS、CHAPS、Triton、Tweens、NP-40等），一般在質譜的表現(xiàn)為規(guī)律的分子量間隔約44的峰。

輝駿生物會根據(jù)TIC、basepeak圖等，判斷酶解、儀器狀態(tài)等是否正常，如果是儀器問題導致的鑒定結果不好，我方會即刻告知客戶并安排重復實驗。

輝駿生物10年專注LC-MS/MS蛋白鑒定實驗，服務到投稿，客戶已在Nature methods，Nature Cell Biology，Nature Plants，Nature communication，Annals of the rheumatic diseases，Journal of Hematology & Oncology等高水平期刊成功發(fā)表論文。

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