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三種有效純化高質(zhì)量RNA方法介紹

純化的 RNA 樣本是當今許多廣泛使用的檢測的重要起點,從 RT-qPCR 到下一代測序。  雖然從細胞樣本中提取和純化 RNA 的主要方法只有三種,但在分離 RNA 時,有無數(shù)注意事項可以幫助您優(yōu)化工作流程。  輝駿生物在本文列舉了一些純化高質(zhì)量 RNA 的方法技巧,以提高您對后續(xù)檢測結(jié)果的信心。



RNA提取純化的主要方法

雖然提取方法的選擇有時取決于樣品類型,但通常這三種方法可用于大多數(shù)樣品。  即使是更難裂解和提取 RNA 的細胞類型,如細菌、植物和酵母,也可以使用額外的裂解步驟成功提取。



1.苯酚/氯仿法

這是最古老、久經(jīng)考驗的提取 RNA 的方法。   它使用簡單但費力的方案,該方案依賴于分子種類在有機溶劑和水中的不同溶解度。  苯酚/氯仿方法可以容納更大的樣品,但它的整體性較低且不易自動化。孵育時間和沉淀溫度很重要,他使用低溫來保護 RNA 免受 RNA 酶的降解。 應注意不要干擾過程中形成的相[以防止 DNA 或蛋白質(zhì)污染 RNA,因此需要良好的處理能力,苯酚/氯仿方法通常會產(chǎn)生更清潔的 RNA,并允許從較少量的細胞中提取 RNA與下面的離心柱方法相比。



2.自旋柱/柱色譜法

離心柱方法使用包含硅膠過濾柱的小型離心管。  用 RNase 抑制劑和高鹽濃度處理的裂解樣品在離心過程中通過離心柱,而 RNA 仍然與柱內(nèi)的二氧化硅結(jié)合。  洗滌去除雜質(zhì),然后用水從硅膠過濾器中洗脫純化的 RNA。


離心柱以方便的試劑盒形式廣泛使用,通常使用簡單、快速的方案。  但這可能會因樣品裂解或均質(zhì)化不完全或過濾器過載而變得復雜。使用適量的輸入材料很重要,因為使用過多的樣品可能會降低裂解效率,引入過量的 RNA 以外的細胞成分,并損害 RNA 與 RNA 純化柱的結(jié)合。自動化是可能的,但不如自動化磁珠方法方便。


離心柱法僅適用于小樣本,但可以使用各種樹脂通過柱層析純化大量的 RNA(例如克到千克)。  純化工作流程中最重要的一步是優(yōu)化上樣和洗脫步驟以獲得最佳容量和產(chǎn)量,同時保持高純度。


通過柱層析純化 mRNA 時,優(yōu)化鹽濃度尤為重要。在較高的鹽濃度下,mRNA 可以沉淀或形成更高級的結(jié)構(gòu),如 dsRNA。在為 oligo(dT) 親和力柱制定加載方案時,首先確定 mRNA 沉淀或形成雙鏈的鹽濃度是有幫助的,因為低于此濃度的加載有助于恢復和純度。與 oligo(dT) 結(jié)合所需的鹽含量與需要中和的核苷酸數(shù)量有關。


3.磁珠法

該方法使用涂有二氧化硅或其他結(jié)合 RNA 的配體(例如 oligo(dT))的磁珠來分離具有完整 polyA 尾巴的 mRNA 分子。將珠子與細胞裂解物和 RNase 抑制劑一起孵育,然后使用磁場將其固定到位,同時去除上清液(含有不需要的碎片和雜質(zhì)),并洗滌珠子以去除殘留的雜質(zhì)。 將珠子重新懸浮在水中會洗脫純化的 RNA。


這是一個快速、簡單的協(xié)議,易于自動化進行高通量工作。  沒有過濾器柱消除了對過濾器堵塞或過載的擔憂。  更粘稠的樣品可能會帶來挑戰(zhàn),因為在孵育過程中珠子和 RNA 可能更難以接觸。

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