在過去的幾十年間,細胞生物學領域的文章一直在發(fā)表,科研成果一直在公布,但是,當中哺乳動物細胞被錯誤鑒定、存在交叉污染的情況也同時存在著。
首先,想問大家一個問題:認錯了細胞系會造成什么后果呢?
稍加細想,就知道后果很嚴重:1、浪費時間和科研經(jīng)費;2、實驗結(jié)果不可重復、科研結(jié)果不可靠;3、會被學術期刊拒收或撤稿。
據(jù)統(tǒng)計,目前有超過30%的細胞系被錯誤辨識或受到交叉感染。2010年《國際癌癥雜志》(IJC)統(tǒng)計出一列表,在346篇文章中,有103篇存在細胞被Hela細胞污染的情況。最可怕的錯用是在瑞典某大學的一個研究組里,該研究組從1988年起就錯誤的使用了Hela,以為是lnt-407細胞系,并因此在從1988到2011年里發(fā)表了41篇論文,全部是錯的。這些文章發(fā)在Oncogen,JBC,Carcinogenesis,PLoS One, J Cell Physiol, Cancer Res, Br J Cancer, Biochem J,Exp Cell Res等眾多較好的雜志上。
圖:Hela細胞
除了著名的Hela細胞外,在2001年,科學家在一篇論文里報道了一株新建立的大鼠視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)的細胞系,命名為RGC-5。在隨后的十幾年時間里,至少230篇論文的研究與假設是建立在這株細胞系上。結(jié)果在2009年,序列測定結(jié)果表明,RGC-5是一株小鼠(mouse)細胞。
2017年,武漢大學病毒學國家重點實驗室發(fā)表了一篇文章,主題便是“278株常見人源腫瘤細胞系的交叉污染及錯誤鑒定”,該實驗室采用STR分型方法進行細胞系遺傳背景鑒定,結(jié)果得到了一個可怕的結(jié)果。
作者分別從國內(nèi)28個研究機構(gòu)搜集了278株常見人源腫瘤細胞系,其中國內(nèi)建立的細胞系71株,國外建立的細胞系207株。經(jīng)STR鑒定后發(fā)現(xiàn),來自于22個研究機構(gòu)的128株細胞存在交叉污染/錯誤鑒定的情況,錯誤率高達46%。其中國內(nèi)建立的細胞系占52株。這表明了什么,國內(nèi)建立的細胞系交叉污染/錯誤鑒定率竟然高達73.2%,并且67.3%(35/52)國內(nèi)交叉污染/錯誤鑒定的細胞系結(jié)果被證實是Hela細胞或被Hela細胞部分污染的!據(jù)統(tǒng)計,128株錯誤細胞系中,其中交叉污染細胞系占84.8%(108/128),其余為錯誤鑒定細胞系。從國內(nèi)/國外來源細胞的情況統(tǒng)計結(jié)果看,Hela細胞的絕對“攪屎棍”地位不容撼動!
所以,你需要“細胞身份證明”——細胞STR鑒定。近年來,大量研究表明STR 基因分型方法是進行細胞交叉污染和性質(zhì)鑒定的最有效和準確的方法之一,STR 基因分型應用于細胞鑒定已被ATCC等機構(gòu)強烈推薦,美國的ATCC細胞庫、德國的DSMZ細胞庫以及日本的JCRB細胞庫等為STR 分型提供了各細胞株的數(shù)據(jù)供對比。
STR基因位點由長度為3~7個堿基對的短串連重復序列組成,這些重復序列廣泛存在于人類基因組中,可作為高度多態(tài)性標記,被稱為細胞的DNA指紋,其可通過PCR(聚合酶鏈式反應)來檢測,STR基因座位上的等位基因可通過擴增區(qū)域內(nèi)重復序列的拷貝數(shù)的不同來區(qū)分,在毛細管電泳分離之后可通過熒光檢測技術來識別,隨后通過一定的計算方法,即可根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與專業(yè)的細胞STR數(shù)據(jù)庫比對從而推算出樣品所屬的細胞系或可能交叉污染的細胞系名稱。
何時需做細胞系鑒定?
1. 發(fā)表文章或申請課題經(jīng)費前;
2. 使用細胞進行臨床治療(試驗)前;
3. 準備凍存保種或已凍存多年的細胞;
4. 一個涉及到細胞試驗項目開始/結(jié)束時;
5. 新得到的細胞或?qū)嶒炇遗囵B(yǎng)5代以上的細胞;
6. 細胞系表現(xiàn)不穩(wěn)定或結(jié)果與預期差別較大。
如何減少細胞系交叉污染?
1. 從信譽良好的組織或機構(gòu)獲得細胞系
2. 良好的文檔編制方法
3. 訓練有素的技術操作員
4. 每種細胞系單獨使用培養(yǎng)基
5. 溶液或試劑分裝使用
6. 常規(guī)性地注意細胞系身份以及其特性是否發(fā)生污染
7. 早期做好充足的凍存儲備
8. 細胞培養(yǎng)代數(shù)不要太高
有了細胞STR鑒定,你的細胞也是有“身份”的細胞啦!而且科研成果更可靠,也不用擔心發(fā)表科研文章時的細胞鑒定問題了,有沒有感覺很強大、很安心呢。
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