線粒體疾病(MitD)是一個重要的臨床或醫(yī)學挑戰(zhàn)。研究表明,基因組測序有助于加強對MitD遺傳原因的理解,并加速功能研究、臨床測試和治療工具的發(fā)展。
線粒體是在大多數(shù)真核細胞中發(fā)現(xiàn)的膜結合細胞器,產生細胞生化反應所需的大部分化學能。線粒體疾病的致病性變異類型包括致病性單核苷酸變異(pSNV)、線粒體DNA (mtDNA)重排和缺失以及改變的mtDNA拷貝數(shù)(CN)。
雖然相對罕見,但據(jù)估計,每3,500-6,000人中就有一人受到線粒體疾病的影響或有患線粒體疾病的風險。高耗能組織最易受影響,如大腦、心臟、肌肉和眼睛,但病例可能會出現(xiàn)各種癥狀。臨床相關的表型包括二型糖尿病、多發(fā)性硬化、智力殘疾和胃腸疾病,等等。因此,線粒體疾病可能難以診斷并與其他疾病區(qū)分開來。
人類mtDNA是一個16,569 bp的環(huán)狀DNA分子,沒有內含子,與核基因組完全分離,母系遺傳。據(jù)估計,線粒體蛋白質組中有1500種蛋白質,其中大多數(shù)由核基因組控制。因此,線粒體疾病可能是由mtDNA或核DNA的有害變異引起的(nDNA)。已知超過300個核基因導致MitD,涉及裝配因子、線粒體結構、輔酶Q生物合成、蛋白質合成和mtDNA維持。這些突變可以以任何遺傳方式遺傳:散發(fā)、母體、常染色體顯性、常染色體隱性或X-連鎖。
此外,線粒體本身會產生額外的復雜性。研究表明,mtDNA的突變率比nDNA高得多,可能是10倍。這可能在整個生命過程中發(fā)生在種系水平或體細胞水平,這意味著即使在一個組織中沒有檢測到特定的變體,也不能排除該變體不存在于其他組織或器官中。由于其多樣性和復雜性,MitD在臨床上很難診斷和治療。
圖一:目前與線粒體疾病相關的基因列表
遺傳異質性和兩個基因組的潛在參與意味著MD不太適合靶向基因組測序方法。全基因組測序的優(yōu)點是在一次測試中覆蓋幾乎所有的核基因組和線粒體基因組,并獲得關于單核苷酸變異體(SNV)、短插入和缺失以及結構變異體(SV)的信息。它還允許出色的測序深度。全基因組測序已知可檢測低至1%的異質性水平,并可識別大多數(shù)患者血液樣本中的變異,從而減少后續(xù)組織活檢的需要。隨著測序成本的降低,基因組測序有可能成為MitD基因突變鑒定、功能研究和分子診斷的首選方法。
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