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一文讀懂!如何區(qū)別體內(nèi)和體外RNA pull down實(shí)驗(yàn)?

RNA pull-down用于檢測(cè)RNA-蛋白質(zhì)、或RNA-RNA之間相互作用的技術(shù),其基本原理是:利用帶標(biāo)簽的目標(biāo)RNA探針與待測(cè)蛋白質(zhì)或RNA進(jìn)行體外或體內(nèi)結(jié)合,通過親和作用將復(fù)合物分離出來,之后采用Western Blot、質(zhì)譜技術(shù)檢測(cè)結(jié)合蛋白,或采用qPCR、測(cè)序技術(shù)檢測(cè)結(jié)合RNA。


RNA pull down可分為體內(nèi)和體外兩種類型:

一、體外RNA pull down:

(1)體外轉(zhuǎn)錄得到帶標(biāo)記的RNA探針(對(duì)照組用反義探針);

(2)裂解待測(cè)樣本;

(3)RNA探針與樣本裂解液孵育;

(4)特異性親和磁珠調(diào)取“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”互作復(fù)合體;

(5)洗脫蛋白質(zhì)或提取RNA進(jìn)行檢測(cè)和分析。


二、體內(nèi)RNA pull down:

(1)制備帶標(biāo)記的RNA探針或者RNA表達(dá)載體(對(duì)照組用反義序列);

(2)將RNA探針或表達(dá)載體導(dǎo)入樣本中,其中表達(dá)載體可以在生物體內(nèi)轉(zhuǎn)錄生成目標(biāo)RNA,與某些蛋白或RNA結(jié)合形成互作復(fù)合體;

(3)裂解待測(cè)樣本;

(4)采用特異性親和磁珠調(diào)取裂解液中的“RNA-蛋白”或“RNA-RNA”復(fù)合體;

(5)洗脫蛋白質(zhì)或提取RNA進(jìn)行檢測(cè)和分析。


最常見的RNA標(biāo)記是生物素,可以采用鏈霉親和素磁珠捕獲生物素RNA及其互作復(fù)合體。但除了生物素標(biāo)記的miRNA mimic可以直接轉(zhuǎn)染細(xì)胞,大部分長鏈RNA無法直接轉(zhuǎn)染到細(xì)胞內(nèi),因此生物素標(biāo)記的長鏈RNA常常用于體外pull down實(shí)驗(yàn)。


如何完成長鏈RNA的體內(nèi)pull down呢?輝駿生物研發(fā)了一種新的標(biāo)記方法,利用一段只有16nt的RNA標(biāo)簽“F2”來標(biāo)記RNA,再采用與F2具有強(qiáng)大親和力的配體磁珠捕獲互作復(fù)合體。這種標(biāo)記方法可用于標(biāo)記各種類型的RNA(lnRNA、mRNA、circRNA、pre-miRNA或pri-miRNA),操作簡(jiǎn)單、成本低。


RNA pull down試劑盒產(chǎn)品對(duì)比

F2-RNA pull down試劑盒Biotin-RNA pull down試劑盒
產(chǎn)品特點(diǎn)自主研發(fā)(有專利)經(jīng)典方法,使用廣泛
標(biāo)記物
一段只有16nt的RNA序列“F2”
生物素
標(biāo)記方法
PCR連接目標(biāo)RNA與F2序列
體外轉(zhuǎn)錄時(shí)將生物素標(biāo)記的UTP摻入目標(biāo)RNA中
標(biāo)記效率
100%隨RNA長度增加而降低
標(biāo)記類型體內(nèi)或體外標(biāo)記均可體外標(biāo)記
目標(biāo)RNA類型線性RNA和環(huán)狀RNA均可線性RNA
探針制備成本

成本低

(配備RNA體外轉(zhuǎn)錄試劑盒)

成本高

(配備RNA體外轉(zhuǎn)錄試劑盒、生物素UTP,RNA純化試劑盒)

使用難度操作簡(jiǎn)便,對(duì)初學(xué)者友好操作繁瑣,對(duì)使用者要求高


輝駿生物RNA pulldown客戶文章見證實(shí)力

1. Fumarate induces LncRNA-MIR4435-2HG to regulate glutamine metabolism remodeling and promote the development of FH-deficient renal cell carcinoma. Cell Death Dis. 2024.

2. A positive feedback between PDIA3P1 and OCT4 promotes the cancer stem cell properties of esophageal squamous cell carcinoma. Cell Communication and Signaling. 2024.


輝駿生物miRNA pull down調(diào)取結(jié)合RNA蛋白原理圖


miRNA pull down調(diào)取結(jié)合蛋白原理圖

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