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質(zhì)譜鑒定不成功主要可以分為兩類，一類是質(zhì)譜效果不好，一類是沒有可參考的蛋白數(shù)據(jù)庫，質(zhì)譜效果不好的原因又可以細分為蛋白點太淡以至于蛋白含量過低、蛋白點取得太小不利于操作、雖然經(jīng)過雙向電泳分離但卻是某幾個蛋白的混合蛋白點、蛋白酶解及質(zhì)譜操作失誤等，要避免這些因素需要盡量取顏色深一些的蛋白點，并且取的蛋白點面積需要適當大一些（對于某些很小但很清晰的蛋白點，取點的時候可是適當選擇孔徑大一些的槍頭，把邊上空白處適當取到一些也不要緊），避免取點可能混合的蛋白點，具備豐富的酶解質(zhì)譜操作經(jīng)驗。而由于沒有可參考的數(shù)據(jù)庫導致的鑒定效果較差，可以通過更換范圍更大的數(shù)據(jù)庫、采用EST數(shù)據(jù)庫以及根據(jù)單個物種的蛋白數(shù)據(jù)庫構(gòu)建本地質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫的方式得到解決。