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「輝駿客戶文章」Advanced Science | 質(zhì)譜技術(shù)助力中大眼科中心團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)甲基轉(zhuǎn)移酶EZH2的去磷酸化機(jī)制
發(fā)布時(shí)間:2022-03-31 14:26:06作者:輝駿生物-fitgene

質(zhì)譜鑒定檢測-客戶高分文章IF=16.806


內(nèi)容概述:

2022年3月,輝駿生物的合作伙伴——中山大學(xué)中山眼科中心團(tuán)隊(duì)在期刊Advanced Science(IF2020=16.806)上發(fā)表題為“MYPT1/PP1-Mediated EZH2 Dephosphorylation at S21 Promotes Epithelial-Mesenchymal Transition in Fibrosis through Control of Multiple Families of Genes “的文章。實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)甲基轉(zhuǎn)移酶EZH2在晶狀體中高表達(dá),AKT-EZH22通路在TGF-β誘導(dǎo)的上皮-間質(zhì)轉(zhuǎn)化(EMT)中非常重要。質(zhì)譜分析結(jié)果顯示,MYPT1/PP1能使EZH2-S21去磷酸化。這些結(jié)果確定了EZH2-S21的特異性磷酸酶,并揭示了EZH22去磷酸化控制的、與晶狀體EMT和眼睛前囊下白內(nèi)障(ASC)發(fā)病相關(guān)的幾個(gè)基因家族。


主要技術(shù):

shRNA慢病毒穩(wěn)轉(zhuǎn)株構(gòu)建、免疫共沉淀(Co-IP)、蛋白質(zhì)譜檢測(LC-MS/MS)、CRISPR/Cas9;

輝駿生物為本研究提供了蛋白質(zhì)譜檢測和分析服務(wù)(LC-MS/MS)。

 

研究背景:

EZH2是多梳抑制復(fù)合物2(PRC2)中發(fā)揮甲基轉(zhuǎn)移酶活性的核心成員,可以催化H3K27Me3,進(jìn)而抑制下游基因轉(zhuǎn)錄。此外,EZH2還可以作為獨(dú)立于PRC2復(fù)合物的非組蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶,甲基化轉(zhuǎn)錄因子和其他靶標(biāo)。蛋白磷酸化在EZH2功能開關(guān)中起著重要作用。已知AKT激酶可以介導(dǎo)EZH2-S21磷酸化來抑制其H3K27Me3催化功能。然而,負(fù)責(zé)EZH2-S21去磷酸化的酶仍然未知。

 

研究路線:

1
WB和IF檢測發(fā)現(xiàn)AGS小鼠模型和患者中的EZH2-S21磷酸化與EMT有關(guān)生長
2
RNA干擾實(shí)驗(yàn)確定AKT磷酸化EZH2-S21來介導(dǎo)TGF-β誘導(dǎo)的晶狀體上皮細(xì)胞EMT
3
Co-IP MS和敲除實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)并證實(shí)MYPT1-PP1使EZH2-S21去磷酸化來抑制EMT
4
EZH2-S21突變表達(dá)、轉(zhuǎn)錄組分析和ChIP-seq確認(rèn)EZH2-S21去磷酸化調(diào)控的下游基因
5
RNA干擾和基因敲除實(shí)驗(yàn)證實(shí)EZH2-S21去磷酸化通過POSTN基因促進(jìn)EMT和ASC
6
細(xì)胞、小鼠模型和患者檢測證實(shí)EZH2-S21磷酸化狀態(tài)調(diào)控了EMT相關(guān)基因表達(dá)和AGS病變



研究結(jié)果:

1. EZH2在晶狀體上皮細(xì)胞中高表達(dá)且其活性和S21磷酸化水平隨EMT而增強(qiáng)

為了解EZH2在晶狀體中的作用,Western blot(WB)檢測了3周齡和成年小鼠晶狀體上皮細(xì)胞和纖維細(xì)胞中的EZH2和EZH2-S21磷酸化(p-EZH2 S21)水平,結(jié)果顯示:EZH2在3周齡和成年上皮細(xì)胞中均高表達(dá),p-EZH2 S21在成年上皮細(xì)胞中的水平顯著高于3周齡小鼠,EZH2和p-EZH2 S21在成年纖維細(xì)胞中幾乎檢測不到(圖1A,B)。


正因?yàn)镋ZH2在小鼠晶狀體中高表達(dá),因此推測其可能參與ASC上皮細(xì)胞的EMT進(jìn)程。對(duì)患者和小鼠模型的ASC斑塊進(jìn)行IF和WB分析,發(fā)現(xiàn)AKT活性和p-EZH2 S21水平顯著高于對(duì)照(圖1C-E)。低活性的EZH2(表現(xiàn)為較高的p-EZH2-S21和較低的H3K27me3)伴隨著為高水平的EMT標(biāo)記物(FN和α-SMA)(圖1E)。


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圖1


2. TGF-β激活A(yù)KT-EZH2-H3K27Me3通路來介導(dǎo)晶狀體上皮細(xì)胞中的EMT

為了確定AKT是否也能磷酸化EZH2-S21來調(diào)節(jié)晶狀體細(xì)胞的EMT,作者首先用TGF-β處理人晶狀體上皮細(xì)胞系HLE 48小時(shí),建立了EMT模型,接著用AKT活性抑制劑來封閉AKT的活性,這使得p-EZH2 S21減弱,H3K27Me3增強(qiáng),并且消除了TGF-β誘導(dǎo)引起的EMT標(biāo)記物FN1和α-SMA的水平增加;AKT1和AKT2的敲低也得到了類似結(jié)果(圖2A-G)。這表明AKT能調(diào)控EZH2-S21磷酸化,介導(dǎo)TGF-β誘導(dǎo)的晶狀體上皮細(xì)胞EMT。

 

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圖2


3. MYPT1-PP1使EZH2-S21去磷酸化

那么是哪個(gè)蛋白酶去磷酸化EZH2-S21呢?作者利用OA(PP1和PP2A的有效抑制劑)處理HLE細(xì)胞,發(fā)現(xiàn)OA劑量依賴性的增加了p-EZH2 S21水平(圖3A-B)。免疫共沉淀質(zhì)譜(Co-IP MS)分析發(fā)現(xiàn)EZH2的結(jié)合蛋白除了有PRC2的其他組分SUZ12、EED和RBBP4之外,還有PP1調(diào)節(jié)亞基PPP1R12A(也稱為MYPT1),這引起了作者的注意。Co-IP WB和IF實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步確定了EZH2和MYPT1間的相互作用(圖3C-F)。

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圖3

 

4. MYPT1敲除增強(qiáng)了晶狀體上皮細(xì)胞EMT

為了證實(shí)MYPT1-PP1通過去磷酸化EZH2影響晶狀體上皮細(xì)胞的EMT進(jìn)程,作者采用CRISPR/Cas9技術(shù)敲除HLE細(xì)胞中的MYPT2,發(fā)現(xiàn)p-EZH2 S21增強(qiáng),H3K27Me3水平下降(圖4A-C),并且TGF-β誘導(dǎo)的EMT顯著增強(qiáng)(圖4D-G)。MYPT2和EZH2沉默的斑馬魚突變體也表現(xiàn)出嚴(yán)重的心臟水腫、脊柱彎曲和小眼等表型,眼部組織中的EMT標(biāo)志物(FN1a, LAMC2和MMP9)也顯著上調(diào)。這些結(jié)果表明,MYPT1-PP1可以使EZH2去磷酸化,激活其甲基轉(zhuǎn)移酶活性,并在體外和體內(nèi)調(diào)節(jié)EMT。

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圖4

 

5. 內(nèi)源性EZH2-S21突變抑制了TGF-β誘導(dǎo)的EMT

為了進(jìn)一步確定EZH2-S21磷酸化能否從功能上控制EMT進(jìn)程,作者采用EZH2野生型和EZH2-S21突變型(絲氨酸突變成賴氨酸)慢病毒分別感染HLE細(xì)胞構(gòu)建穩(wěn)轉(zhuǎn)細(xì)胞株(圖5A-C),WB和IF分析證實(shí),相比于空載對(duì)照,它們的表達(dá)均顯著抑制了TGF-β誘導(dǎo)的EMT標(biāo)志物上調(diào)(圖5D-G)。

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圖5


6. EZH2去磷酸化調(diào)控多個(gè)EMT相關(guān)的基因家族

為了找到EZH2去磷酸化調(diào)控的下游基因,作者對(duì)EZH2野生型、EZH2-S21突變型和空載對(duì)照細(xì)胞株進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析, GO分析結(jié)果顯示很多差異基因?qū)儆诩?xì)胞外基質(zhì)基因和細(xì)胞粘附基因;之后又在敲除了內(nèi)源EZH2的細(xì)胞中再表達(dá)EZH2野生和EZH2-S21突變體,并用TGF-β處理。qPCR檢測了轉(zhuǎn)錄組篩選出的差異基因,確定了三個(gè)參與EMT調(diào)控的基因家族——膠原基因、細(xì)胞外基質(zhì)基因和細(xì)胞粘附基因(圖6A-D)。為了進(jìn)一步證實(shí)EZH2去磷酸化調(diào)控了這3個(gè)基因家族,選取了3個(gè)主要靶基因Col1A1、MMP17和POSTN進(jìn)行ChIP-seq,發(fā)現(xiàn)TGF-β處理的HLE細(xì)胞中的H3K27me3水平遠(yuǎn)小于未處理組(圖6E)。

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圖6


7. EZH2-S21磷酸化調(diào)控POSTN基因來促進(jìn)TGF-β誘導(dǎo)的EMT和ASC

為了進(jìn)一步確定上述EMT相關(guān)基因家族確實(shí)受EZH2-S21去磷酸化控制并參與EMT和AGS病變,研究者利用慢病毒構(gòu)建EZH2沉默的HLE細(xì)胞系,再此基礎(chǔ)上分別進(jìn)行EZH2過表達(dá)、EZH2-S21A過表達(dá)和EZS2-S21D過表達(dá)(圖7A-C)。qPCR檢測發(fā)現(xiàn)POSTN在EZS2-S21D細(xì)胞中的豐度最高(圖7D)。使用CRISPR/Cas9技術(shù)(圖7E)或shRNA(圖7F)敲除MYPT1可顯著增加POSTN mRNA水平,在MYPT1突變的斑馬魚眼睛中也觀察到POSTN的表達(dá)增強(qiáng)。


在POSTN沉默細(xì)胞中,TGF-β處理組的EMT標(biāo)記物(FN、COL1A1、SNAI1和SNAI2)水平均顯著低于非沉默細(xì)胞(圖7G-J)。在POSTN基因敲除小鼠中,ASC的誘導(dǎo)受到限制,EMT標(biāo)志物(FN、COL1A1)的表達(dá)也顯著降低(圖7K-M)。在患者ASC斑塊中,POSTN也高表達(dá)(圖7N)。

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圖7

 

8. MYPT敲除促進(jìn)了EMT相關(guān)基因表達(dá)和AGS病變

為了進(jìn)一步確定EZH2-S21去磷酸化直接控制的EMT相關(guān)基因,研究者用TGF-β處理MYPT敲除細(xì)胞或未敲除細(xì)胞,qPCR方法檢測發(fā)現(xiàn)SPARC、BGN、PCDHB8、PCDHB16、COL1A1、COL4A1、COL4B2和COL7A1的水平顯著高于對(duì)照(圖8A)。在ASC小鼠模型(圖8B)和人類ASC患者(圖8C)中也得到了相似結(jié)果,表明這些由EZH2-S21去磷酸化控制的EMT相關(guān)基因顯著促進(jìn)了ASC病變。

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圖8


研究結(jié)論:

該研究不僅確定了AKT激活EZH2-H3K27Me3來調(diào)控TGF-β誘導(dǎo)的晶狀體上皮細(xì)胞EMT,而且發(fā)現(xiàn)了MYPT1-PP1可使EZH2-S21去磷酸化,進(jìn)而調(diào)控3個(gè)EMT相關(guān)基因家族參與ASC病變(圖8D)。

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